Η Ακαδημία διοικείται σύμφωνα με τον κανονισμό της.  

Το Προεδρείο της Ακαδημίας αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, το Γενικό Γραμματέα. 

Ο Πρόεδρος της Ακαδημίας και ο Αντιπρόεδρος εκλέγονται από τα τακτικά μέλη της Ακαδημίας με μυστική ψηφοφορία ανά πενταετία τον τελευταίο μήνα πριν από τη λήξη της θητείας τους από τα τακτικά μέλη.
Η Ακαδημία αποτελεί ένα σώμα, το οποίο  συγκροτείται από τρεις Τάξεις. 
Κάθε τάξη έχει Πρόεδρο, Αντιπρόεδρο και Γραμματέα, ο οποίος τηρεί τα Πρακτικά.

 Ο Πρόεδρος, ο Αντιπρόεδρος, ο Γενικός Γραμματέας,  οι τρεις Πρόεδροι και Αντιπρόεδροι των Τάξεων συγκροτούν τη Σύγκλητο, η οποία έχει αρμοδιότητα σε όλα τα διοικητικά και τα οικονομικά ζητήματα της Ακαδημίας. Οι συνεδριάσεις της Συγκλήτου, στις οποίες προεδρεύει ο Πρόεδρος της Ακαδημίας, είναι μυστικές. Η Σύγκλητος είναι το ανώτατο όργανο της Ακαδημίας.

 Η Ακαδημία αντιπροσωπεύεται αποκλειστικά από τον Πρόεδρό της. Καμιά Τάξη ή Επιτροπή δεν αντιπροσωπεύει την Ακαδημία, αλλά ούτε έχει το δικαίωμα να βγάλει ανακοινώσεις ή να στέλνει αλληλογραφία.

 Τα πρόσεδρα μέλη της Ακαδημίας έχουν τα ίδια προσόντα με τα τακτικά μέλη και εκλέγονται με την ίδια διαδικασία με αυτή των τακτικών μελών. Μπορούν να εκλεγούν πρόσεδρα μέλη και Έλληνες πολίτες που δεν έχουν ποντιακή καταγωγή. Τα πρόσεδρα μέλη δεν μπορούν να λαμβάνουν μέρος στις συνεδριάσεις της ολομέλειας και δεν έχουν γενικά το δικαίωμα του εκλέγειν και εκλέγεσθαι στα όργανα της Ακαδημίας. Μπορούν να λαμβάνουν μέρος στις Επιτροπές.

 Τα αντεπιστέλλοντα  μέλη της Ακαδημίας έχουν τα ίδια προσόντα με τα τακτικά μέλη και εκλέγονται με την ίδια διαδικασία με αυτή των τακτικών μελών. Μπορούν να εκλεγούν αντεπιστέλλοντα  μέλη και αλλοδαποί πολίτες που δεν έχουν ποντιακή καταγωγή. Τα αντεπιστέλλοντα μέλη δεν μπορούν να λαμβάνουν μέρος στις συνεδριάσεις της ολομέλειας και δεν έχουν γενικά το δικαίωμα του εκλέγειν και εκλέγεσθαι στα όργανα της Ακαδημίας. Μπορούν να λαμβάνουν μέρος στις Επιτροπές.

 Όλα τα μέλη της Ακαδημίας είναι ισόβια. Μέλη της Ακαδημίας μπορεί να γίνουν πολίτες άνω των 45 ετών. Νέο μέλος της Ακαδημίας εκλέγεται όταν παρουσιαστεί κενή θέση.

 Επίτιμα μέλη της Ακαδημίας μπορεί να γίνουν Έλληνες και ξένοι πολίτες που έχουν διακριθεί για το επιστημονικό ή κοινωνικό τους έργο. Τα επίτιμα μέλη προτείνονται από τρία τουλάχιστον μέλη της Ολομέλειας και θα πρέπει να λάβουν μετά από μυστική ψηφοφορία τουλάχιστον 30 ψήφους. Τα Επίτιμα μέλη είναι ισόβια.

Η Ολομέλεια της Ακαδημίας συνεδριάζει τέσσερις φορές το χρόνο στην έδρα της και ενδεικτικά:    

Την πρώτη Κυριακή του Σεπτεμβρίου

Την πρώτη Κυριακή του Δεκεμβρίου

Την πρώτη Κυριακή του Μαρτίου

Την πρώτη Κυριακή του Ιουνίου

Τα μέλη μπορούν να παρίσταται είτε δια ζώσης είτε με τηλεδιάσκεψη.

 Οι Τάξεις της Ακαδημίας συνεδριάζουν τέσσερις φορές το χρόνο στην έδρα της και ενδεικτικά:

Την πρώτη Κυριακή του Σεπτεμβρίου

Την πρώτη Κυριακή του Δεκεμβρίου

Την πρώτη Κυριακή του Μαρτίου

Την πρώτη Κυριακή του Ιουνίου

Τα μέλη μπορούν να παρίσταται είτε δια ζώσης είτε με τηλεδιάσκεψη.

Οι Επιτροπές  της Ακαδημίας συνεδριάζουν ανάλογα με το έργο τους και τα μέλη τους μπορούν να παρίσταται είτε δια ζώσης είτε με τηλεδιάσκεψη.

Την περιουσιακή ή οικονομική διαχείριση της Ακαδημίας αναλαμβάνουν με ετήσιο διορισμό τους τρία μέλη της Ολομέλειας, ένα από κάθε Τάξη. Τα μέλη ορίζονται στη συνεδρίαση του Σεπτεμβρίου.