Κάθε τάξη έχει Πρόεδρο, Αντιπρόεδρο και Γραμματέα, ο οποίος τηρεί τα Πρακτικά.

Οι τάξεις καλλιεργούν όλες τις εκδηλώσεις του πνεύματος, τη λογοτεχνία, την ποίηση, τη μουσική, τις εικαστικές τέχνες και τις επιστήμες. Η Πρώτη Τάξη περιλαμβάνει τις Θετικές Επιστήμες και ασχολείται με τις επιστήμες των μαθηματικών, της φυσικής, της μηχανικής, της τεχνολογίας και της ιατρικής.  Η Δεύτερη περιλαμβάνει τις Θεωρητικές Επιστήμες και ασχολείται με τη φιλοσοφία, τη νομική, την παιδαγωγική, τις πολιτικές επιστήμες και τις οικονομικές επιστήμες. Η Τρίτη τάξη, των Γραμμάτων και των Καλών Τεχνών, ασχολείται με την πεζογραφία, την ποίηση, τη μουσική, τις εικαστικές τέχνες.

 Τα μέλη της Ακαδημίας είναι τακτικά, επίτιμα, πρόσεδρα, ξένοι εταίροι και αντεπιστέλλοντα. Ο αριθμός των τακτικών μελών μπορεί συνολικώς να ανέρχεται σε 40, εκ των οποίων 15 ανήκουν στην Πρώτη Τάξη, 15 στην Δεύτερη και 10 στην Τρίτη. Τα πρόσεδρα μέλη μπορεί να είναι μέχρι 10, οι ξένοι εταίροι επίσης μέχρι 10 και τα αντεπιστέλλοντα μέλη μπορούν να είναι έως 15. Η εκλογή των τακτικών μελών γίνεται κατόπιν δημόσιας προκηρύξεως. Κατά τον Οργανισμό της Ακαδημίας «τακτικά μέλη εκλέγονται Έλληνες ποντιακής καταγωγής, διακρινόμενοι στις επιστήμες ή τα γράμματα ή τις καλές τέχνες με σπουδαία έργα». Τα έργα των υποψηφίων κρίνονται και αξιολογούνται από επιτροπή τριών μελών της Ακαδημίας. Εν συνεχεία η οικεία Τάξη αποφασίζει με μυστική ψηφοφορία αν θα διαβιβάσει τις υποψηφιότητες στην Ολομέλεια της Ακαδημίας για τελική κρίση και εκλογή.

Ακολουθεί συζήτηση επί της εισηγήσεως σε μυστική συνεδρία της Ολομέλειας των μελών της Ακαδημίας. Μετά μία εβδομάδα γίνεται η ψηφοφορία για την εκλογή χωρίς συζήτηση. Για την εκλογή απαιτείται να λάβει ο υποψήφιος την απόλυτη πλειοψηφία των ψήφων των ενεργών μελών της Ακαδημίας. Στους ενεργούς δεν υπολογίζονται εκείνοι πού βρίσκονται εκτός της έδρας της Ακαδημίας για σπουδαίο λόγο, εφ' όσον έχουν δηλώσει την απουσία τους προ της συνεδρίας της εκλογής.

 Οι συνεδριάσεις της Ολομέλειας είναι δημόσιες και ιδιαίτερες (μυστικές) Στις δημόσιες συνεδρίες γίνονται ανακοινώσεις. Ακολουθούν οι ιδιαίτερες συνεδρίες στις όποιες παρίστανται μόνον τα τακτικά μέλη.

Δημόσιες πανηγυρικές συνεδρίες ιδιαιτέρου χαρακτήρα γίνονται για τον εορτασμό της 25ης Μαρτίου, της 28ης Οκτωβρίου και για την 19 Μαΐου, ημέρα της Γενοκτονίας των Ποντίων. Στη συνεδρία αυτή απονέμονται τα αριστεία και τα βραβεία τα οποία έχουν προκηρυχθεί.

 Το έργο της Ακαδημίας διεξάγεται από την Ολομέλεια ή τις Τάξεις. Επίσης μπορεί να γίνεται από Επιτροπές των μελών. Οι Επιτροπές μπορεί να ορισθούν είτε από την Ολομέλεια είτε από τις Τάξεις. Οι Επιτροπές μπορεί να είναι μόνιμες, ετήσιες ή πρόσκαιρες. Οι Επιτροπές ορίζονται από το Προεδρείο της Ολομέλειας ή των Τάξεων.